Хотя Трудовой кодекс Беларуси запрещает дискриминацию и политически мотивированные увольнения, структуры Федерации не препятствовали увольнениям сотрудников за участие в митингах и забастовках или за выражение позиции. В ряде случаев профкомы ФПБ подписывали согласие на увольнение активистов, нарушая их права и не защищая их.

Федерация профсоюзов Беларуси активно участвует в электоральной кампании, не скрывая своей приверженности государственной линии.